Hujan Bulan Juni mengisahkan tentang Sarwono dan Pingkan. Sarwono yang keturunan Jawa asli dan Pingkan yang masih bingung jika ditanya orang mana. Bapaknya orang Manado, ibunya bingung keturunan mana, kakaknya si Toar lahir di Makassar, sedangkan ia lahir di Solo. Jika dibilang orang Jawa, ia hanya numpang lahir, jika dbilang orang Manado ia hanya keturunan. Sebagai sesama dosen di UI, mereka dekat. Sarwono sebagai dosen antropologi yang sering mengikuti kegiatan penelitian kadang ikut mengajak Pingkan dosen sastra Jepang untuk menemaninya keliling Indonesia.  Pada suatu hari, Pingkan diminta untuk ke Jepang melanjutkan kuliah dan membantu mahasiswa sana untuk ikut BIPA. Selama di Jepang ia tetap rajin memberi kabar ke Sarwono melalui WhatsApp, sedangkan Sarwono masih disibukkan dengan penelitiannya yang menuntutnya keliling Indonesia terutama bagian timur. Sepulang dari Tonsea dimana ia bertemu dengan Toar, ia kelelahan dan mengharuskan ia untuk beristirahat. Ia memutuskan ...